นับตั้งแต่กระทรวงยุติธรรมทำหน้าที่ดูแลรับผิดชอบงานธุรการของศาลยุติธรรม 100 ปีเศษ จึงได้เกิดแนวคิดที่จะแยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรมเพื่อให้พ้นจากข้อระแวงสงสัยว่า ศาลยุติธรรมอาจถูกแทรกแซงจากฝ่ายบริหารและไม่มีอิสสระในการพิจารณาพิพากษาคดี จนกระทั่งรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 มาตรา 275 บัญญัติให้ศาลยุติธรรมมีหน่วยงานธุรการของศาลยุติธรรมที่เป็นอิสสระให้ เลขาธิการสำนักงานศาลยุติธรรมเป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อประธานศาลฎีกา และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการศาลยุติธรรม พ.ศ. 2543 มาตรา 5 บัญญัติให้มีสำนักงานศาลยุติธรรมเป็นส่วนราชการที่เป็นหน่วยงานอิสสระมีฐานะเป็นนิติบุคคล จึงถือว่าแยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรมนับตั้งแต่วันที่ 20 สิงหาคม 2543 เป็นต้นไป

สำนักงานศาลยุติธรรมมีโครงสร้างลักษณะงานแบ่งได้เป็น 2 ส่วนใหญ่ คือส่วนงานตุลาการ และส่วนงานธุรการ ก่อนวันที่ 20 สิงหาคม 2543 กระทรวงยุติธรรมเป็นผู้ดูแลดำเนินงานด้านธุรการ โดยมีหน้าที่ส่งเสริมสนับสนุนทั้งทางด้านบุคคลากรและอุปกรณ์ต่าง ๆ แก่ส่วนงานตุลาการ ปัจจุบันสำนักงานศาลยุติธรรมทำหน้าที่แทนกระทรวงยุติธรรมในการดูแลงานธุรการของศาลยุติธรรม งานส่งเสริมงานตุลาการและงานวิชาการของศาลยุติธรรม ในส่วนงานตุลาการ รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 มาตรา 271 กำหนดให้ศาลยุติธรรมมีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีทั้งปวงได้แก่ คดีแพ่ง คดีอาญา คดีล้มละลาย และคดีประเภทอื่นที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลยุติธรรม ในขณะที่ศาลอื่นนอกระบบศาลยุติธรรม ซึ่งได้แก่ ศาลรัฐธรรมนูญ ศาลปกครอง และศาลทหาร มีอำนาจหน้าที่พิจารณาพิพากษาคดีที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลตนเองเช่นเดียวกัน

ระบบศาลยุติธรรมตามพระธรรมนูญศาลยุติธรรม พ.ศ. 2543 มีอยู่ทั่วราชอาณาจักรและระบบศาลยุติธรรมสามารถแบ่งออกได้เป็น 3 ชั้น คือศาลชั้นต้น ศาลอุทธรณ์ และศาลฎีกาศาลยุติธรรมมีการพัฒนาอย่างต่อเนื่องเพื่ออำนวยความยุติธรรมและการพิจารณาพิพากษาคดี ศาลชั้นต้นเป็นศาลซึ่งรับคำฟ้องหรือคำร้องในชั้นเริ่มต้นคดีไม่ว่าจะเป็นคดีแพ่งหรือคดีอาญาแล้วจึงตัดสินชี้ขาดทั้งมีอำนาจดำเนินกระบวนพิจารณาแทนศาลอุทธรณ์และศาลฎีกาในบางเรื่องด้วย ศาลชั้นต้นทั่วไปแบ่งเป็น 2 ประเภท

1. ศาลชั้นต้นทั่วไปสำหรับกรุงเทพมหานครได้แก่ ศาลแพ่ง ศาลแพ่งกรุงเทพใต้ ศาลแพ่งธนบุรี ศาลอาญา ฯลฯ

2. ศาลชั้นต้นทั่วไปสำหรับจังหวัด อื่นนอกจากกรุงเทพมหานคร ประกอบด้วยศาลจังหวัดและศาลแขวงในภาค 1 – 9 ศาลจังหวัดระนองจัดอยู่เป็นศาลชั้นต้นทั่วไปสำหรับจังหวัดอื่นนอกกรุงเทพมหานคร